文章链接：
https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fcell.2022.831273/full
文章题目
Circulating NAD+ Metabolism-Derived Genes Unveils Prognostic and Peripheral Immune Infiltration in Amyotrophic Lateral Sclerosis
背景：
Nicotinamide adenine dinucleotide, 简称为NAD+, 即烟酰胺腺嘌呤二核苷酸， 又叫做诺加因子，是人体中的一种主要辅酶。NAD+到场人体内上千种氧化恢复的酶反应，其功能有良多。
低NAD+水平与多种疾病相关，席卷代谢性疾病以及神经退行性疾病）。今朝，迷信争论说明，恢复以及推广NAD+水平也许避让施行性神经退行性变，匆匆进线粒体功能震动，恶化能量代谢损害，增强对于氧化应激的损坏。
本争论的想法是考察外周NAD+代谢相干基因是否也许被决定为肌减弱侧索软化症(ALS)患者的预后因素。提取ALS患者全血NAD+代谢相干基因（NMRG）的转录数据，并贯串一系列生物信息学以及呆板练习方式挑选稳重的候选基因，并建立模子，以预计ALS患者的总体预后价值。
文章的思路以下
1. 从GEO数据库中挑选了两个ALS的基因表达谱数据 GSE112676以及GSE112680, 算作待分解集中，并从ArrayExpress挑选出一个数据集算作外部验证集
2. 对付GEO的原始数据，颠末归一化，考订批次效应等预处置之后，失去ALS以及一般对于应的基因表达谱数据
3. 经过ALS患者以及一般样本的分裂分解以及GSEA分解，争论ALS与NAD+代谢通路的联系
4. 提取ALS患者的NMRG基因的表达谱，施行统一性聚类，失去ALS患者的NMRG分子亚型，并争论分歧亚型之间的预后分裂
5. 将一切ALS患者随机分为锻炼接以及验证集，经过LASSO返回模子失去预后模子NPRS
6. 经过NPRS score的巨细，将ALS患者分为高表达以及低表达组，贯串免疫细胞浸润，存在分解，ROC曲线等分解方式，评估NPRS score算作biomark的无效性
7. 分析NPRS以及临床目标，构建一个分析的预后模子，并经过诺莫图等相干方式评介模子机能
文章中各个方法的分解了局揭示以下
1. ALS患者NMRG基因表达图谱
图A以热图的大局呈现了NMRG基因表达谱的总体状况；图B揭示了NAD+代谢通路的GSEA富集分解了局；图C揭示了ALS患者以及一般人CTRL之间的NMRG分裂基因了局；
2. ALS患者NMRG基因分子亚型
图A是统一性聚类的了局，也许看到分成了4个亚型；图B用umap降维方式揭示分歧亚型的基因表达；图C用热图的大局揭示分歧亚型的基因表达；图D揭示分歧亚型的存在分解了局；图E揭示亚型2以及4之间NMRG分裂基因了局
3. 亚型间的分裂分解
图A以及图B揭示了亚型2以及4之间GSEA分解了局，图C揭示了亚型间免疫浸润分裂了局
4. NMRG预后模子NPRS分解
图A揭示了纳入NPRS返回模子中的各个基因的系数；图B以及图C呈现了NPRS低表达以及高表达组之间的存在分解；图D用阻滞图的大局揭示了亚型，NRPS以及存在了局的散布；图E以及F揭示了NPRS低表达以及高表达组存在时光的散布；图G,H,I用ROC曲线揭示了锻炼集，验证集，外部验证集3个部队之间的模子机能；图J以及K用箱体图的办法揭示了NPRS以及临床目标的有关性；图L以及图M用散点图的办法揭示了NPRS以及临床目标的有关性
5. ALS患者免疫浸润
图A揭示了NPRS低表达以及高表达的免疫浸润分裂分解状况；图B-F揭示了免疫细胞组分以及NPRS score之间的相干性
6. 预后得分NPRS与临床目标的相干分解
图A以及图B用用小提琴图的办法揭示了NPRS与临床目标的有关；图C用森林图揭示了各目标的的单变量cox分解了局；图D-K揭示了NPRS以及临床目标各个配合之间的存在分解了局；图L以及M用ROC揭示了临床目标算作预后marker的机能；图N以及图O揭示了临床目标与NPRS score之间的相干性
7. 诺莫图揭示模子效力
图A用诺莫图揭示了预后模子；图B以及图C用考订曲线揭示了模子效力；图D以及图E用各个时光点的AUC目标揭示模子效力
这篇文章是基于众人数据库的纯生信分解的文章，也许自创其思路，正在其他类别的代谢相干疾病以及神经退行性疾病中争论NAD+相干基因的影响，咱们也也许经过练习复现文章中的分解了局来磨练以及进步自身的数据分解才略。
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